Professeur d'histoire moderne, Guillaume Gaudin est membre du laboratoire Framespa (UMR 5136), directeur de l’Institut Pluridisciplinaire pour les Études sur les Amériques à Toulouse (IPEAT) et comme tel référent de l’Université Toulouse Jean Jaurès auprès du pôle Sud-Ouest de l’IDA. Il a été délégué de ce même pôle de 2018 à 2022. Au département d’histoire, il est coresponsable du parcours Histoire des mondes ibériques et ibéro-américains du Master d’histoire moderne et contemporaine.
Ses recherches portent sur le gouvernement de l’empire espagnol en Amérique et aux Philippines. Il s'intéresse aujourd'hui à l'histoire environnementale de la colonisation des Philippines. Il est l’auteur de Penser et gouverner le Nouveau Monde au XVIIe siècle. L’empire de papier de Juan Díez de la Calle, commis du Conseil des Indes, Paris, L’Harmattan, 2013. (Traduction espagnole : El imperio de papel de Juan Díez de la Calle: pensar y gobernar el Nuevo Mundo en el siglo XVII, Madrid, Zamora, Fondo de Cultura Económica, El Colegio de Michoacán, 2017, 409 p.). Il a édité plusieurs ouvrages collectifs : Avec Paulina Machuca, Las Filipinas, ¿una periferia global? Gobernar y vivir en los confines del Imperio hispano, Toulouse, Zamora, Presses Universitaires du Midi, El Colegio de Michoacán, 2022 ; Avec Roberta Stumpf, Las distancias en el gobierno de los imperios ibéricos. Concepciones, experiencias y vínculos, Madrid, Casa de Velázquez, 2022; Avec Manuel Rivero Rodríguez, « Que aya virrey en aquel reyno ». Vencer la distancia en el imperio español, Madrid, Ediciones Polifemo, 2020, 360 p.